refactor(tools): 重构内置工具模块的文件结构

将文件操作相关的工具模块（read、edit、write、grep）移至新的 `file` 子目录下，以提升代码组织结构的清晰度和模块化程度。

agent/tools/builtin/__init__.py

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 参考版本：opencode main branch (2025-01)
 """
 
-from agent.tools.builtin.read import read_file
-from agent.tools.builtin.edit import edit_file
-from agent.tools.builtin.write import write_file
+from agent.tools.builtin.file.read import read_file
+from agent.tools.builtin.file.edit import edit_file
+from agent.tools.builtin.file.write import write_file
 from agent.tools.builtin.glob_tool import glob_files
-from agent.tools.builtin.grep import grep_content
+from agent.tools.builtin.file.grep import grep_content
 from agent.tools.builtin.bash import bash_command
 from agent.tools.builtin.skill import skill, list_skills
 from agent.tools.builtin.subagent import subagent